|
Сторінка 7 Аналіз субклітинної локалізації антигенів ауто-АТ. Клітини відмивали ЗФР від культурального середовища, готували цитологічні мазки, фіксували їх метанолом протягом 90 сек і висушували при кімнатній температурі. Після цього мазки інкубували з препаратами Ig (розведення 1: 75) при 4 °C протягом ночі. Після інкубації мазки промивали ЗФР двічі по 10 хв та інкубували із FITC-міченими IgG кози, специфічними до Н-ланцюгів IgA людини, або кон'югованими із пероксидазою хрону IgG кролика, специфічними до Н-ланцюгів IgG людини („Sigma”, США), у розведенні 1: 50 протягом 1,5 год при 37 °С. Мазки промивали ЗФР, фарбували флуоресцентним барвником DAPI (1 мкг/мл) протягом 1 хв, знову промивали ЗФР, дистильованою водою і фотографували під мікроскопом Микмед К-2-12 („ЛОМО”, Росія) при відповідних довжинах хвилі збудження та емісії для виявлення флуоресценції. У випадку, коли для детекції використовували кон'югати АТ із пероксидазою хрону, комплекси антиген-АТ фарбували розчином діамінобензидин/Н2О2 у присутності 100 мМ NiCl2 протягом 30 хв при 37 °С і виявляли мікроскопією у видимій області спектру.
Виділення фрагментованої ДНК та її електрофорез у гелі агарози. Клітини після культивування із препаратами АТ осаджували центрифугуванням при 2000 об/хв протягом 5 хв. До осаду клітин додавали 0,5 мл холодного ЗФР та фіксували, поступово додаючи до суспензії клітин 5 мл холодного розчину 70% етанолу. Клітини залишали на 12 год при - 20 °С (деякі зразки зберігали при даній температурі протягом 3-4 тижнів). Після цього клітини центрифугували при 2000 об/хв протягом 5 хв. Осад клітин (2-3 млн. клітин) ресуспендовували у 40 мкл фосфат-цитратного буферу, який містив 192 частини 0,2 М Na2HPO4 та 8 частин 0,1 М лимонної кислоти, рН 7,8, та залишали при кімнатній температурі на 30 хв. Після центрифугування при 3000 об/хв протягом 5 хв надосадову рідину переносили у свіжу пробірку типу Еппендорф та додавали 3 мкл 0,25% водного розчину NP-40 („Sigma”, США) та 2 мкл РНК-ази А (розчин 10 мг/мл у воді). Після 1-годинної інкубації при 37 °С до суспензії додавали 5 мкл протеїнази К („Merck”, Німеччина) (розчин 1 мг/мл у воді) та інкубували 1 год при 37 °С. Після інкубації до препарату ДНК додавали 12 мкл буферу, який містив 0,25% бромфенолового синього, 50 мМ трис-HCl, рН 7,5, 50% гліцерину і розділяли в 1% гелі агарози у присутності 0,005% етидію броміду при напрузі 4 В/см протягом 2 год. Фрагменти ДНК виявляли при ультрафіолетовому освітленні і фотографували цифровою камерою Nikon Coolpix 4200.
Мікроелектрофорез ДНК окремих клітин у гелі агарози (метод ДНК-комет). Аналіз здійснювали, як описано (Камінський та ін., 2005). Для формування гелю, предметні скельця покривали плівкою агарози шляхом нанесення 2 мл 1% тугоплавкої агарози („Serva”, Німеччина) і висушування у термостаті при 37 °С.40 мкл суспензії клітин вносили у пробірку типу Еппендорф і поміщали у водяну баню при 40 °С, змішували із 120 мкл розчину легкоплавкої агарози („Serva”, Німеччина) (кінцева концентрація агарози становила 0,75%), швидко наносили на теплі предметні скельця 150 мкл такої суміші і покривали теплим покривним скельцем. Після застигання агарози обережно знімали покривне скельце і вносили у лізувальний буфер (2% лаурил саркозинат, 0,5 М ЕДТА, рН 7,5, 0,3 мг/мл протеїнази К). Гелі інкубували при 4о С упродовж 1 год, а потім 20 год при 37 °С. Гелі витримували тричі по 20 хв у буфері ТБЕ (90 мМ трис, 90 мМ борної кислоти та 2 мМ ЕДТА, рН 8,5), після чого вносили в електрофоретичну камеру і заливали цим же буфером (2-3 мм буферу над скельцем). Електрофорез здійснювали при напрузі 0,6 В/см протягом 25 хв, причому електричне поле скеровували поперек предметного скельця. Після лужного електрофорезу препарати нейтралізували у 0,4 М трис-HCl, рН 7,5. Гелі висушували і фарбували водним розчином етидію броміду у концентрації 2 мкг/мл.
Комп'ютерний аналіз рівня гомології послідовностей амінокислот імуноглобулінів і рецептора СD4 та протеїнкіназ. Амінокислотну послідовність рецептора СD4 та Fc-фрагментів імуноглобулінів було отримано із бази даних Swiss-Prot. Для аналізу рівня гомології використовували банк генів протеїнкіназ KinBase та програми порівняння Kinom Blast Server (www. kinase. com). Аналіз доменної організації рецептора СD4 проводили, використовуючи базу даних SMART (smart. embl-heidelberg. de) та Pfam (pfam. wustl. edu). Пошук функціональних мотивів молекули СD4 здійснювали, застосовуючи базу даних Scansite та програму порівняння Motif Scan (scansite. mit. edu).
|
Сайт
